• Tuesday May 21,2019

Kategoria - genomika


Używanie danych 23andMe w Plink

Używanie danych 23andMe w Plink

Z ostatnią ceną 99 dolarów za 23 i wiele moich znajomych kupiło zestawy (wreszcie!). Wyniki interpretacyjne 23andMe są teraz dość bogate, ale wciąż brakuje rzeczy. Istnieje wiele narzędzi stron trzecich, z których możesz korzystać, ale wiem, że niektórzy ludzie mogą chcieć przeprowadzić własną analizę danych. Istnieje wiele spos

Parahistoria Pathana

Parahistoria Pathana

Mughal Emperor Akbar W "Dziwnych paralelach" Victor Lieberman odwołał się do "Turkicyzujących Pathanów". Sam termin mnie ogryzał. Aby zrozumieć kontekst, Lieberman zarysował wpływ cywilizacji muzułmańskiej na cywilizację indyjską. Czasami ten "wpływ" był bardzo dosłowny. Arabskie armie

Na instrumentalizm filogenetyczny

Na instrumentalizm filogenetyczny

Testy ADMIXTURE i STRUCTURE nie są formalnymi testami mieszania. Tak! W rzeczywistości w społeczności "otwartej nauki" ta kwestia powtarza się w kółko , ponieważ ludzie rutynowo stają się zdezorientowani (nasza publiczność nie składa się z genetyków populacji i filogenetek w ogóle). Czasami więc t

Wpływ testów genetycznych na pochodzenie

Wpływ testów genetycznych na pochodzenie

Postawy dotyczące testów przodków DNA: Branża testowania przodków DNA ma już ponad dekadę, ale szczegóły pozostają niejasne: nie ma wiarygodnych, empirycznych danych na temat liczby, motywacji i postaw klientów do tej pory, liczby dostępnych produktów i ich cech, lub przemysłowe zwyczaje i standardowe praktyki, które pojawiły się w przypadku braku konkretnych przepisów rządowych. Tutaj dostarczamy

Osobista genomika: więcej niż zabawa i gry

Osobista genomika: więcej niż zabawa i gry

Obecnie moim głównym zainteresowaniem osobistą genomiką jest czysty wypoczynek. Nie oczekuję zbyt dużej użyteczności, ponieważ wiele korelacji między genami (SNP itp.) A cechami / chorobami jest raczej słaba. Ale są pewne wyjątki. Ostatnio zostałem tymczasowo nałożony na leki na receptę i chciałem sprawdzić, czy jestem szybkim lub wolnym metabolizerem. W literaturze med

WDIST, Plink, ale szybciej?

WDIST, Plink, ale szybciej?

Wieloletni czytelnicy wiedzą, że spędzam dużo czasu z Plink, opracowanym przez Shaun Purcell. Mając to na uwadze, nawet przy skromnych zestawach danych, w które gram, musiałem uciekać się do pisania skryptów powłoki, aby wykonywać różne manipulacje Plinkami i pozwolić im działać przez noc. Cóż, być może n

Dlaczego wciąż się zmienimy?

Dlaczego wciąż się zmienimy?

Zauważyłem, że latem ubiegłego roku Karl Smith zapytał "Dlaczego są krótcy ludzie?" Jego logika jest całkiem dobra, z wyjątkiem tego, że zmienność kondycji wydaje się być znacznie silniejsza u mężczyzn niż u kobiet (jest kilka dowodów, kobiety krótsze mogą być bardziej płodne, choć jest to zrównoważone tym, że większe kobiety zdają się lepiej radzić sobie z ciążą). W każdym razie wzrost wydaje si

Gen (maszyna) i my

Gen (maszyna) i my

W IEEE Spectrum Eliza Strickland ma długi utwór The Gene Machine and Me, który opisuje swoje doświadczenia z sekwencjonowaniem exome (odnosi się to do ~ 1 procenta genomu lub 30 miliardów par zasad, co jest kodowaniem). Będąc IEEE Spectrum, skupiamy się na technologii genomicznej, ale podejrzewam, że będzie to miało tak samo duże zainteresowanie 10-20 lat, że odmiany silników spalinowych około 1900 roku są dla nas. Innymi słowy, b

Genom to struktura, a nie tylko abstrakcja

Genom to struktura, a nie tylko abstrakcja

Oto krótka kontynuacja badania, które miało na celu zobrazowanie niedociągnięć w prognozowaniu ryzyka genomicznego i otrzymała ważne informacje w mediach: Dr Neil Risch, wiodący ekspert w dziedzinie genetyki statystycznej i dyrektor Instytutu Genetyki Człowieka UCSF, zgadza się z jednym ważnym wnioskiem zaprezentowanym przez autorów badań, reportera Timesa i innych ekspertów cytowanych w mediach: badania genomu są bardziej wartościowe ich potencjał prowadzi do lepszego zrozumienia chorób na całym świecie, niż ich predykcji dla każdego indywidualnego pacjenta. Ta pozycja była "

Dlaczego nie opublikować danych dotyczących artykułów filogenetycznych?

Dlaczego nie opublikować danych dotyczących artykułów filogenetycznych?

W zeszłym miesiącu zauważyłem, że artykuł o wnioskach spekulatywnych co do filogenetycznego pochodzenia australijskich Aborygenów został utrudniony w jego konkluzji faktem, że autorzy nie udostępniali danych publicznie (dokładniej, rówieśnikom). Istnieją prawdopodobnie polityczne powody takiego stanu rzeczy w odniesieniu do australijskich zbiorów danych Aborygenów, więc nie żałuję im tego (Cóż, przynajmniej zbyt dużo, prawdopodobnie zaakceptowałbym wynik bardziej sam, gdybym mógł przetestować napęd zbioru danych, ale wątpię, czy mogliby kontrolować fakt, że dane musiały być prywatne). To dlateg

Używanie danych 23andMe: eksploracja za pomocą MDS

Używanie danych 23andMe: eksploracja za pomocą MDS

Uwaga : przeczytajcie wcześniejszy post na ten temat, jeśli jeszcze tego nie zrobiłeś. Powyższe zdjęcie pochodzi z 23andMe. Pochodzi z funkcji, która wydaje się być nieco zmarginalizowana z powodu składu jej przodków. Zasadniczo projektuje on klientom 23andMe wizualizację genetycznej zmienności z zestawu danych HGDP. Jest to wła

Delikatny opór jako efekt uboczny adaptacji

Delikatny opór jako efekt uboczny adaptacji

Pith: Evolution to niedbały artysta. Na ogniskowym obszarze kreatywnej adaptacji energii można wyrzeźbić z dużą precyzją, ale na skraju genetycznego pejzażu przerażające zjawiska mogą wybuchnąć z powodu nieuwagi. Innymi słowy, często występują wady adaptacyjne. Kilka tygodni temu przejrzałem artykuł, który sugeruje, że choroba Crohna może być efektem ubocznym selektywnego przemiatania. Sama zamiatarka prawd

Katastrofa 2007 w kosztach sekwencjonowania genomu

Katastrofa 2007 w kosztach sekwencjonowania genomu

Dr Daniel MacArthur sugeruje: Teraz nie chcemy, aby wszyscy pracujący w genomice zaczęli używać tego samego slajdu "niebiesko-na-szarym", aby zilustrować zbliżającą się datapokalipsę; więc zachęcam ludzi do pobierania surowych danych (ostrzeżenie: plik Excela) i robienia własnych ładnych zdjęć. Moje proste pró

Przyszłość genomiki jest już prawie

Przyszłość genomiki jest już prawie

Stephen Hsu o rozwoju wydarzeń w Beijing Genomics Institute: Byłem dziś na krześle, gdy dyrektor BGI powiedział mi, że wkrótce osiągną poziom sekwencjonowania 1000 (ludzkich) genomów na dzień (tak, że 10 ^ 5 do 10 ^ 6 genomów rocznie jest tuż na horyzoncie). Według niego mogą one przynosić zyski w cenie 5 000 $ za genom! [Wyjaśnienie: p

Г-tzi, martwe morze zwojów genomiki?

Г-tzi, martwe morze zwojów genomiki?

Dienekes wskazuje na fakt, że Ewen Callaway ma brud na tym, co się dzieje z Г-tzi: Aby lepiej poznać jego pochodzenie i skłonność do chorób, Albert Zink, szef Instytutu Mumii i Lodziarz w Bolzano, i jego zespół zsekwencjonowali 3-miliardowy nuklearny genom Г-tzi z fragmentu kości biodrowej. Ich sekwen

Jared Diamond miał rację!

Jared Diamond miał rację!

Przynajmniej o niektórych rzeczach. W Guns, Germs i Steel argumentował, że dyfuzja równoleżnikowa zestawów narzędzi rolniczych jest znacznie łatwiejsza niż dyfuzja podłużna . Wydaje się to słuszne, ale jedna rzecz, której Diament nie zwrócił wystarczającej uwagi z perspektywy czasu, podejrzewam, że dyfuzja demograficzna i wymiana może przebiegać według podobnego schematu. Prawdopodobnie nie

Większa różnorodność w projekcie Personal Genome

Większa różnorodność w projekcie Personal Genome

Poszukiwanie różnorodności (szczególnie rodziny): Ponieważ PGP rekrutuje się samoczynnie, nie mamy bardzo zrównoważonego zestawu uczestników. "Samo-rekrutacja" oznacza, że ​​wszyscy uczestnicy zapisali się do naszego projektu drogą ustną, znajdując naszą stronę internetową i rejestrując się online. Mówiąc dosadnie, ozna

Technologia i genetyka w XXI wieku

Technologia i genetyka w XXI wieku

Zakładam, że w przyszłym roku będzie więcej takich historii, Gene Machine: Maszyna, która może odmienić twoje życie, jest urządzeniem kompaktowym, ma tylko 24 cale szerokości, 20 cali głębokości i 21 cali wysokości. Na pierwszy rzut oka można pomylić go z zabawką Playskool - lub jeszcze lepiej z komputerem Apple II, który wywołał rewolucję. Rzeczywiście, ten Gi

Dostosowania klimatyczne i południowi Europejczycy są częścią Afryki

Dostosowania klimatyczne i południowi Europejczycy są częścią Afryki

Nie ma czasu na ich blogowanie. Dostanę się do tego. Ale naprawdę chcę ci wskazać dwa interesujące artykuły w PLoS Genetics (wszystkie dobre rzeczy wylądują w piątek!). Adaptacje do presji selekcjonowanej klimatycznie u ludzi: Ludzie zamieszkują niezwykle różnorodne środowiska, a adaptacja poprzez dobór naturalny prawdopodobnie odegrała kluczową rolę w przetrwaniu i rozwoju w ekstremalnych klimatach. W przeciwieństwi

Naprawdę drobnoziarniste mapy genetyczne Europy

Naprawdę drobnoziarniste mapy genetyczne Europy

Kilka lat temu zacząłeś oglądać szczyt badań, który w zasadzie zabrał kilkaset osób (lub tysięcy) z różnych lokalizacji, a następnie wyodrębnił dwa największe składniki zmienności genetycznej z setek tysięcy wariantów. Gromady, które wypadły z danych genetycznych, z których każdy punkt jest pozycją indywidualną, zostały przeniesione na mapę geograficzną. Rysunek po lewej stronie (z